• 党政机关

  党委办公室 （学校办公室）

  纪委（监察专员办公室）

  组织部（党校）

  宣传部

  统战部

  离退休工作处

  安全保卫处

  发展规划与学科建设处

  教务处

  科学技术处

  人文社会科学处

  人力资源处(高层次人才办公室)

  研究生处（研究生工作部）

  学生工作部（处）

  审计处

  校园建设与管理处

  财务处

  服务社会处

  教师工作部（教师发展中心）

  国际合作交流处

  招生处

  资产管理处(招标与采购办公室)

• 基层党群团组织

  机关党总支

  工会

  妇委会

  团委

• 直附属单位

  图书馆

  实验与网络信息中心

  档案馆

  校友联谊办公室

  理科学报

  文科学报

  聊城大学社区

  聊城大学医院

  后勤服务中心

  高新技术产业总公司

  物业管理中心

  继续教育学院

  附属小学

• 科研院(所)

  组织工程与再生医学研究所

  山东省光通信科学与技术重点实验室

  山东省化学储能与新型电池技术重点实验室

  聊城质量发展研究中心

  廉政研究中心

  山东省当代中国哲学研究所

  运河学研究院

  聊城发展研究院

  世界共产主义运动研究所

  太平洋岛国研究中心

  东平湖湿地研究所

  生物制药研究院

• 教学单位

  化学化工学院

  鲁西化工工程学院

  外国语学院

  物理科学与信息工程学院

  数学科学学院

  文学院

  政治与公共管理学院

  历史文化与旅游学院

  体育学院

  生命科学学院

  环境与规划学院

  美术学院

  音乐与舞蹈学院

  教育科学学院（教师教育学院）

  计算机学院

  传媒技术学院

  农学院

  材料科学与工程学院

  机械与汽车工程学院

  商学院(MBA教育中心)

  建筑工程学院

  法学院

  药学院

  马克思主义学院

  大学外语教育学院

  国际教育交流学院

  后备军官学院（武装部）

  创新创业学院

  社会体育部（聊城市体育运动学校）

  季羡林学院

  医学院

  质量学院

  东昌学院（独立学院）